去除了90%以上含量的咖啡因的咖啡，被称为“低咖啡因咖啡”，简言之就是〝低因咖啡”。
以前为了去除咖啡因，人们一般都会借助一种有机溶剂，但由于有机溶剂会残存在咖啡豆中，容易致癌，所以目前日本已经禁止使用了。现在，人们去除咖啡因的手段主要有两种——水处理和二氧化碳处理。
水是我们日常生活中经常接触到的物质，大家对水都比较放心。但咖啡因是不易溶于水的，所以想将咖啡因溶解到水中，就有一定的难度了。再加上氨基酸、糖类、绿原酸等这些构成咖啡风味的成分又极易溶解于水，于是问题就产生了——咖啡因还没去除，这些成分就会先于咖啡因溶解于水中。
我们先说说“瑞士水处理法”（Swiss Water Method)。就是先将生豆中咖啡因以外的水溶性成分充分溶解于水，直至饱和状态。再将咖啡生豆浸泡于处理过的水里，这样，即使是易溶于水的氨基酸、糖类、绿原酸，也会因水中的成分已经饱和而无法溶解到水中，又因为水里不含咖啡因，所以咖啡因就会从生豆中溶解到水中。但是，咖啡因不会一下子都溶解掉，所以该步骤要反复进行，将咖啡因一点点从生豆中去除。溶解了咖啡因的水，只要用活性炭过滤一下，就能将咖啡因去掉，还可以再次使用。这是一种既可以去除咖啡因、又不会损害生豆成分的好方法。
第二种方法是二氧化碳处理，就是通过对压力与温度的调整，使咖啡因高效地从生豆中去除。在通常状态下二氧化碳是气体，但如果对其施加压力，它就会出现拥有气液两特质的状态（“超临界状态”) 或液态。这种方法的咖啡因去除率很高，不过，显然“瑞士水处理法” 去除法效率相对较低，但可以更完整地保留咖啡风味的成分。
